Tùy mục đích mà có những cách phân loại Bonsai khác nhau dựa vào những tiêu chuẩn khác nhau. Đáng chú ý là :

1.Dựa vào tình trạng của cây

- Cây nguyên liệu : khi chúng chưa được uốn sửa gì cả, đa số từ vườn ươm hay khai thác từ thiên nhiên.

- Cây sơ chế: khi các nguyên liệu ấy đã được uốn tỉa sơ bộ, thường do các nhà vườn cung cấp.

- Cây thành phẩm : là những cây đã được định hình khá tốt có thể trưng bày và đang được hoàn thiện dần thành những tác phẩm . Giai đoạn đầu là cây hàng chợ, giai đoạn sau đã được tuyển chọn là cây chọn lọc, là tác phẩm có giá trị cao.

2. Dựa vào trọng lượng hay kích cỡ

Bonsai nhỏ:

Komono: 15 - 25 cm

Mame: 13 - 20 cm

Shohin: 5 - 15 cm

Shito: 5 - 10 cm

Keshitsubo: 3 - 8 cm

Bonsai trung bình:

Chiu/Chumono: 41 - 91 cm

Katade-mochi: 25 - 46 cm

Bonsai lớn:

Imperal bonsai: 152 - 203 cm

Hachi-Member: 102 - 152 cm

Dai/Omono: 76 - 122 cm

3 .Dựa vào số cây trong chậu

-1 cây (độc thụ)

-2 cây (song thụ)

-Nhiều cây ( quần thụ)

4. Dựa vào đặc điểm của cây

*Cây có lá quanh năm

-Lá hình kim (Tùng loại) Thông, Tùng, Sa tùng

– Lá rộng bản (Diệp loại) như Cần thăng, Kim quít, Nguyệt quới..

*Cây có lá rụng theo mùa: Trắc dây, Bằng lăng, Mai vàng

*Cây cho hoa : Bông giấy, Mai vàng, Mai chiếu thủy, Bằng lăng, Thơm ổi, Linh sam, Đỗ quyên…

*Cây cho trái : Kim quít, Sung, Khế, Hải phù dung…

5. Dựa vào chủng loại cây

Đây là tiêu chuẩn quan trọng vì:

-Để trao đổi trên thương trường quốc tế;

-Để tìm hiểu các thông tin khoa học;

-Để áp dụng trong tháp ghép…

Các cây thường được sử dụng để làm Bonsai ở thành phố Hồ Chí Minh hiện nay

Một số loại mới: Duyên tùng, sơ ri Đài Loan, Thông đen Nhật Bản, cây hoàng dương, tùng kim cương, siro Đài Loan... và các loại truyền thống: 

tt	Tên thông thường	Tên khoa học	Họ thực vật
1	Bằng lăng	Lagerstroemia lecomtei	Lythraceae
2	Bình linh	Vitex pupescens	Verbenaceae
3	Bò chét	Leucoena leucocephala	Mimosaceae
4	Bồ đề	Ficus religiosa	Moraceae
5	Bông giấy	Bougainvillea spectabilis	Nyctaginaceae
6	Cần thăng	Limonia acidissima	Rutaceae
7	Cẩm thị	Diospyros nhatrangensis	Ebenaceae
8	Chuổi ngọc	Duranta repens	Verbenaceae
9	Cù đề	Breynia rhamnoides	Euphorbiaceae
10	Trà phúc kiến	Carmona microphylla	Boraginaceae
11	Cùm rụm ô rô	Malpighina coccigera	Malpighiaceae
12	Dành dành	Gardenia lucida	Rubiaceae
13	Duối nhám	Streblus asper	Moraceae
14	Dương liễu	Casuarina equisetifolia	Casuarinaceae
15	Duối ô rô	Streblus ilicifolia	Moraceae
16	Găng tu hú	Gmelia asiatica	Verbenaceae
17	Gừa	Ficus microcarpa	Moraceae
19	Khế	Averrhoa carambola	Oxalidaceae
20	Kim quít	Triphasia trifoliata	Rutaceae
21	La hán tùng	Podocarpus macrophyllus	Podocarpaceae
22	Lài trâu	Tabernaemontana divaricata	Apocynaceae
23	Lâm vồ	Ficus rumphii	Moraceae
24	Linh sam	Desmodium unifoliatum	Papilionaceae
25	Mã kỳ	Styphelia malayana	Eparcidaceae
26	Mai chiếu thủy	Wrightia religiosa	Apocynaceae
27	Mai vàng	Ochna integerrima	Ochnaceae
28	Mai đỏ	Ochna atropurpurea	Ochnaceae
29	Me chua	Tamarindus indica	Caesalpiniaceae
30	Ngâu	Aglaia  duperreana	Meliaceae
31	Ngũ sắc (Thơm ổi)	Lantana camara	Verbenaceae
32	Nguyệt qưới	Murraya paniculata	Rutaceae
33	Sa tùng (chổi)	Baeckea frutescens	Myrtaceae
34	Sam núi	Antidesma acidum	Euphorbiaceae
35	Sanh	Ficus retusa	Moraceae
36	Sơn liễu	Phyllanthus cochinchinensis	Euphorbiaceae
37	Sơn trà	Crataegus monogyna	Rosaceae
38	Sộp	Ficus pisocarpa	Moraceae
39	Sung	Ficus racemosa	Moraceae
40	Sứ sa mạc	Adenium obesum	Apocynaceae
41	Thanh liễu	Tamarix chinensis	Tamaricaceae
42	Thiên tuế	Cycas revolutina	Cycadaceae
43	Thông	Pinus merkusiana	Abietaceae
44	Tường vi	Lagerstroemia indica	Lythraceae
45	Trắc dây	Dalbergia annamensis	Papilionaceae
46	Trà tàu ( chè tàu)	Acalypha siamensis	Euphorbiaceae
47	Trúc ống ( trúc đùi ếch)	Bambusa ventricosa	Poaceae
48	Tùng ( Bạch đầu tùng)	Cupressus lusitanica	Cupressaceae

 Nguồn : Kỹ thuật Bonsai- Lê Công Kiệt – Nguyễn Thiện Tịch + các nguồn tài liệu khác mình chọn lọc.